Un peu plus d’une trentaine de manuscrits provenant de la bibliothèque de Gellone sont identifiés alors même qu’elle devait être importante dès la fondation du monastère. Livres liturgiques, relevant du droit ou encore de la littérature, sont aujourd’hui dispersés et contribuent du fait de leur rareté à la renommée du site. Si les manuscrits datent pour l’essentiel de la fin du Moyen Âge, l’âge roman compte quatre manuscrits du XIIe et l’âge carolingien deux manuscrits du VIIIe siècle et deux du IXe siècle.

Dès sa fondation, l’abbaye abrite des manuscrits, notamment pour les célébrations liturgiques. La plupart d’entre eux n’ont pas été copiés sur place, mais proviennent de grands scriptorium du Nord et de l’Est de la Gaule franque. Cette importation de manuscrits marque un trait majeur de la renaissance carolingienne, en lien direct avec les fondations monastiques d’Aniane et de Gellone qui introduisent la liturgie romaine adoptées par les souverains francs carolingiens dans le sud de l’empire.

Parmi ces premiers manuscrits, le plus prestigieux est incontestablement le Sacramentaire de Gellone, (livre du prêtre célébrant la messe), composé à la fin du VIIIe siècle et actuellement conservé à la Bibliothèque Nationale de France. Il fut probablement rédigé dans la région de Meaux. Cet ouvrage illustre la sacralisation du livre, et notamment du manuscrit à peinture, en tant qu’objet dans l’art carolingien, ce qui deviendra l’un des fondements de la culture de tout le Moyen Âge occidental. Il témoigne par ailleurs de l’action réformatrice de Charlemagne dans le domaine religieux puisque son texte s’inspire très largement du rite grégorien en usage à Rome et marque une étape vers l’unification liturgique dans tout le royaume. Il est aussi un bel exemple d’écriture caroline et ses abondantes et exceptionnelles enluminures, des étonnantes lettres-visages au bestiaire fantastique, l’imposent comme un joyau.